La fecha de su nacimiento se conoce gracias a la inscripción de un medallón de Friedrich Hagenaguer en el que Bartholomäus Bruyn aparece retratado. La misma inscripción le menciona como pintor de Colonia, ciudad en la que permaneció activo desde 1515 hasta su fallecimiento. Junto a Colonia también se han barajado como posibles lugares de su nacimiento Wesel y Haarlem. El estilo de sus primeras obras, muy influenciadas por Jan Joest y Joos van Cleve, apuntan a que Bruyn se formó en el área del Bajo Rin. En 1522 recibió su primer encargo importante: la decoración del altar mayor de la catedral de Essen, y pocos años después, en 1529, el del retablo mayor de la iglesia de San Víctor, en Xanten, dedicado a Las vidas de san Víctor y santa Elena. Sin embargo, es en el género del retrato donde hizo su mayor contribución. Bruyn creó en Colonia un importante foco dedicado al retrato, pues la ciudad no contaba, hasta entonces, con tradición en ese género. Sus expresivas imágenes, la mayoría de ciudadanos patricios de Colonia, se centran especialmente en los rostros, sin omitir por ello detalles en las ropas, joyas y tocados. Ninguno de los retratos de Bruyn está firmado, por lo que las atribuciones se han hecho en base a similitudes estilísticas con los retablos de Essen y Xanten, en los que incluyó retratos de grupo. En este género, sus primeras obras están también bajo la influencia de Joos van Cleve, sin embargo, a partir de 1539 se aprecia en su estilo el estudio de la obra de Hans Holbein el Joven. Además de dedicarse a la pintura, Bruyn jugó un comprometido papel en los asuntos de la ciudad, ocupando durante su vida varios cargos en el Ayuntamiento de Colonia. Su hijo Bartholomäus Bruyn II siguió sus pasos como pintor, trabajando como su ayudante durante los últimos años de su vida; a la muerte de su padre, en 1555, se hizo cargo del taller familiar.

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