Su biografía es difícil de reconstruir por la poca información que nos ha llegado, especialmente sobre sus primeros años. La fecha y el lugar de su nacimiento siguen siendo causa de controversia, barajándose como posibles ciudades natales Dinant y Bouvignes, ambas sitas en el sur de Bélgica. La primera noticia que de él tenemos es su ingreso, en 1515, en el gremio de San Lucas de Amberes. Contrajo matrimonio dos veces: la primera con Francisca Buyts, hija del pintor Edward Buyts de Dendermonde, y la segunda con Johanna Noyts. La fecha de su muerte se ha establecido antes del 5 de octubre de 1524, gracias a un documento que menciona a su segunda mujer como viuda.

Patinir es uno de los primeros maestros que se especializó en la pintura de paisajes. Aunque sus composiciones siempre incluyen figuras que nos indican el tema, generalmente religioso, éstas, a veces añadidas por otros pintores, ceden todo el protagonismo a la vista. Los fondos se presentan desde un punto elevado, situando la línea del horizonte en la parte superior de la composición, permitiendo así una perspectiva dilatada. Su estilo se caracteriza por una técnica minuciosa, en la que cada detalle aparece meticulosamente representado, y por una preferencia hacia los colores oscuros. Patinir recoge en su obra el tipo de paisaje que ya habían desarrollado antes pintores como Jan van Eyck, Gerard David y el Bosco en sus fondos, sin embargo, fue él el primero en dotarlo de autonomía propia. Se cree que Patinir, antes de establecerse en Amberes, pudo haber trabajado en Brujas bajo la influencia de Gerard David, o incluso en su taller.

Los registros del gremio de pintores de Amberes no recogen que el artista tuviera ningún alumno, pero según el testimonio de Durero, quien le visitó durante su viaje por los Países Bajos, Patinir dirigió un próspero taller en Amberes con varios aprendices a su cargo. Colaboró frecuentemente con otros artistas entre los que se encuentran Quentin Metsys y Joos van Cleve.

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